Els espais naturals protegits (ENP) més importants del Geoparc Orígens són:
- ENP Serra de Boumort: La Reserva Nacional de Caça de Boumort (RNC) va ser creada amb la finalitat de protegir, fomentar i aprofitar les espècies animals en estat salvatge que hi habiten i de preservar els ecosistemes als quals pertanyen. Té una extensió de 13.097 ha i s’hi pot trobar un paisatge prepirinenc amb serres abruptes i relleu accidentat que dóna peu a forts contrastos, la qual cosa afavoreix una gran diversitat.
- ENP Collegats – Queralt: El Congost de Collegats amb una longitud de 5 km és una estreta escletxa oberta entre altes parets de roca, per on la Noguera Pallaresa s’obra camí cap al sud. Conjuntament amb els Rocs de Queralt, formen part de l’Espai Natural de Noguera Pallaresa – Collegats, o Collegats – Queralt.
- ENP Estany de Montcortés: Les aigües de l’estany provenen d’un brollador intern. Té una profunditat que oscil·la entre els 20 i els 40 metres. Aquesta zona lacustre és una de les reserves d’aus aquàtiques més importants del Pirineu i acull una gran varietat de migratòries. A més, conté una diversitat d’espècies de flora i fauna, algunes d’elles poc representades en el territori pirinenc.
- ENP Vall Alta Serradell – Terreta – Serra de Sant Gervàs: Espai natural amb un remarcable interès paisatgístic i geomorfològic degut a les formes d’erosió dels materials geològics i el grans desnivells. Les masses forestals aïllades de la serra i la inaccessibilitat dels fondals de l’interior de la vall han permès mantenir un medi relativament fràgil, on destaquen les poblacions de rapinyaires i la fauna cavernícola.
- ENP Estanys de Basturs: Ecosistema singular i molt fràgil que ocupa unes 37 ha. Actualment consta de 2 estanys ben constituïts: un de circular amb la cubeta cònica, i un altre més petit (Estany Xic), al nord-oest del primer.
- ENP Serres del Montsec, Sant Mamet i Mitjana: Dins d’aquest espai trobem Mont-rebei, considerat un dels indrets de més valor natural i paisatgístic de Catalunya. Les parets del congost assoleixen més de 500 metres de caiguda vertical, amb punts on l’amplada mínima del congost és de només 20 metres. Té una extensió d’unes 600 ha.
- ENP Vessants de la Noguera Robagorçana
- Alt Pallars
Els ENP (Espais Naturals Protegits) estan dins el Pla d’Espais d’Interès Natural (PEIN) i són alhora espais Xarxa Natura 2000 (ZEC + ZEPA).
- Zona perifèrica del Parc Nacional d’Aigüestortes i Estany de Sant Maurici: La part alta de la Vall Fosca forma part d’aquesta zona perifèrica, des de la qual s’accedeix a la zona sud de l’únic Parc Nacional de Catalunya.
- Espais en custodia del territori (Mur, Brugal, Collegats, Costa Ampla, Castell d’Encús): Espais naturals gestionats per l’Estació Biològica del Pallars Jussà, una associació sense ànim de lucre, que en garanteix la seva conservació i realitza tasques educatives i de divulgació.