Los espacios naturales protegidos (ENP) más importantes del Geoparque Orígens son:
- ENP Serra de Boumort: La Reserva Nacional de Caza de Boumort (RNC) fue creada con la finalidad de proteger, fomentar y aprovechar las especies animales en estado salvaje que la habitan y de preservar los ecosistemas a los que pertenecen. Tiene una extensión de 13.097 ha y en ella se puede encontrar un paisaje prepirenaico con sierras abruptas y un relieve accidentado que da lugar a fuertes contrastes que favorecen una gran diversidad.
- ENP Collegats – Queralt: El cañón de Collegats con una longitud de 5 km es una estrecha brecha entre altas paredes de roca, por donde el río Noguera Pallaresa se abre camino. Conjuntamente con los Rocs de Queralt, forman parte de un espacio natural de interés nacional.
- ENP Lago de Montcortés: Las aguas del lago provienen de un manantial interno. Tiene una profundidad que oscila entre los 20 y los 40 metros. Esta zona lacustre es una de las reservas de aves acuáticas más importantes del Pirineo y acoge una gran variedad de aves migratorias. Además dispone de algunas especies de flora y fauna poco representadas en el territorio pirenaico.
- ENP Vall Alta Serradell – Terreta – Serra de Sant Gervàs: Destaca su interés paisatjístico y geomorfológico debido a las formas de erosión de los materiales geológicos y los grandes desniveles. Las masas forestales aisladas de la sierra y la inaccesibilidad de las partes más profundas del valle han permitido mantener unos ecosistemas donde destacan poblaciones de rapaces y fauna cavernícola.
- ENP Estanys de Basturs: Ecosistema singular y muy frágil que ocupa un espacio de casi 37 ha. Actualmente consta de dos lagunas bien constituidas: una de forma casi circular, más grande, con la cubeta cónica, y otra más pequeña (Estany Xic), situada al noroeste de la primera.
- ENP Serres del Montsec, Sant Mamet i Mitjana: Dentro de este espacio destaca Montrebei, considerado uno de los lugares de más valor natural y paisajista de Cataluña. Las paredes del cañón llegan a más de 500 m de caída vertical, con puntos donde la anchura mínima del cañón es de tan solo 20 m. Tiene una extensión de unas 600 ha.
- ENP Vessants de la Noguera Robagorçana
- Alt Pallars
Los ENP (Espacios Naturales Protegidos) están dentro del Plan de Espacios de Interés Natural (PEIN) y son a la vez espacios Red Natura 2000 (ZEC + ZEPA).
- Zona periférica del Parque Nacional de Aigüestortes y Estany de Sant Maurici: La parte alta de la Vall Fosca forma parte de esta zona periférica, desde la cual se accede a la zona sur del único Parque Nacional de Cataluña.
- Espacios en custodia del territorio (Mur, Brugal, Collegats, Costa Ampla, Castell d’Encús): Espacios naturales gestionados por la Estació Biològica del Pallars Jussà, una asociación sin ánimo de lucro, que garantiza su conservación y realiza tareas educativas y de divulgación.
